A história se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento com o para fora de Konoha. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da organização de criminosos e ninjas renegados Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konoha, em Naruto: Shippuden é a Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.

É o personagem título e principal protagonista da série: Naruto. Ele é um shinobi de nível genin de Konohagakure e um membro do Time Kakashi. Um descendente maternal do clã Uzumaki, Naruto é o jinchūriki da metade Yang de Kurama — a Nove Caudas. Apesar de já ter sido condenado ao ostracismo pela maioria da vila, ele agora é considerado como um herói, digno de herdar o título que seu próprio pai uma vez possui

Naruto é exuberante, ousado, desatento e indiferente para a formalidade social ou classificação. Ele herdou o slogan "Dattebayo!" De sua mãe, que dizia "(da)ttebane"  quando excitada ou frustrada. Naruto tem vários traços infantis, como guardar seu dinheiro em uma carteira de sapo gordinha e verde, a qual ele carinhosamente chama de "Gama-chan", sendo um comedor muito exigente (ele come quase exclusivamente ramen e é um cliente freqüente no Ichiraku Ramen) e tendo medo de fantasmas. Ele também é um pouco pervertido, algo que tende a ser repreendido por Sakura Haruno e Iruka, mas ele só se tornou ainda mais depois de conhecer o seu mentor Jiraiya, fazendo com que muitos digam que Jiraiya criou uma réplica perfeita de si mesmo. No entanto, sempre que alguém querido para ele está em apuros ou a situação pede por isso, Naruto fica mais sério, e tenta imediatamente vir em seu auxílio.

De acordo com Kakashi, Naruto aprende através de seu corpo, como ele é relativamente ingênuo, simples, e de ser lento para compreender um princípio ou situação, que muitas vezes requer uma analogia simplista, a fim de entender o que está sendo explicado a ele. Em geral, Naruto responde melhor a competição e tem uma grande dose de auto-confiança, proclamando que ele vai dominar qualquer técnica que ele está aprendendo dentro de uma fração do tempo normal,^[8] embora ele não hesite em pedir ajuda se ele precisar.Apesar de sua ingenuidade pareça ser a maior ao longo da série, Naruto prova ter um olho afiado para certas coisas que a maioria das pessoas não vê, mostrando que ele pode ser mais inteligente do que a maioria das pessoas, especialmente pessoas como Sakura, ficam dispostas a lhe dar crédito quando ele mostra isso, algo que até mesmo Chōji comentou uma vez. Isto foi demonstrado quando Naruto foi o primeiro a notar as diferenças no livro de Sai, mais tarde quando ele ajuda a decifrar a mensagem que Jiraiya deixou nas costas de Fukasaku antes de morrer e quando ele ajuda a resolver a mensagem através do livro Icha Icha de Kakashi. Ele também é bastante atento no que diz respeito aos sentimentos das outras pessoas (embora ele estivesse inconsciente do amor que Hinata sente por ele até que ela confessa seus sentimentos para ele) e é capaz de perceber as verdadeiras intenções das pessoas, como quando Sakura alegou que ela o amava e que já não amava mais o Sasuke, Naruto imediatamente nota que ela estava mentindo sobre como ela se sentia, depois de ter testemunhado os sinais mais extremos e inimitáveis do amor que ela sente por Sasuke. Naruto também viu através da mentira de Iruka sobre uma nova criatura selvagem na Ilha Tartaruga, quando ele se recorda que Motoi afirmou que B tinha domado todos os animais na ilha.

Devido ao preconceito e solidão que ele sofreu em sua infância, Naruto desenvolveu um desejo de ser reconhecido. Para alcançar isso, Naruto costumava fazer brincadeiras ao redor da aldeia e até mesmo lutar pelo título de Hokage. Mesmo depois de se formar na Academia, Naruto ainda estava determinado a ser reconhecido, mas como ele fez mais e mais conexões com os outros, as suas razões para querer se tornar Hokage sofreu uma mudança, tendo menos a ver com o desejo de ser reconhecido, e mais a ver com querer ter força para proteger sua casa e as pessoas próximas a ele. Como observado por Tobi, Naruto possuí a Vontade do Fogo, comparando-o a Hashirama Senju neste aspecto. A determinação e impulso de Naruto impacta fortemente a vida das pessoas ao seu redor, até mesmo seus inimigos são afetados por sua empatia. Tanto Kakashi como Temari referem a incrível carisma de Naruto como um "poder único" que lhe permite mudar o ponto de vista do mundo de outras pessoas para melhor, geralmente, ajudando-os a recuperar as crenças que eles perderam devido a certas tragédias sofridas, lembrando-lhes que, em certa maneira eles não perderam totalmente o que eles tinham.^[15][16] Son Gokū também pensa nele como uma pessoa aberta e honesta. Como Guy e Rock Lee, quando Naruto faz uma promessa, ele assume a "pose nice guy" e torna-se dedicado a cumpri-la.

A deserção de Sasuke chocou profundamente Naruto, mas ele nunca vacilou na sua vontade de trazê-lo de volta para Konoha. Quando seu professor Jiraiya foi morto em batalha pelo líder da Akatsuki Pain, ele jurou vingança contra o homem e saiu de Konoha por um tempo para treinar o senjutsu. Ao voltar para casa depois que Pain destruiu a aldeia e sucumbir à raiva, ele conheceu e falou com seu pai, Minato Namikaze, que explicou a ele o ciclo de ódio e confiou-lhe o dever de salvar o mundo ninja de seu ódio.Depois de ouvir a história de Nagato sobre como o ódio pode moldar uma pessoa e o mundo em escuridão, Naruto jurou que iria acabar com o ciclo de ódio e trazer a paz para o mundo ninja, e posteriormente, apresenta uma abordagem mais sensata, ponderada e diplomática a partir daquele momento em diante. Esta decisão, no entanto, viria em oposição direta em sua missão de trazer Sasuke para casa, algo que, no início o deprimiu profundamente. No entanto, depois de se reencontrar com Sasuke novamente no País do Ferro, Naruto resolveu que, se precisar, ele lutaria e potencialmente mataria o amigo para acabar com o ciclo de ódio e salvar Sasuke do desespero, mesmo que isso custe a própria vida.

Quando ele descobriu que a Quarta Guerra Mundial Shinobi começou, Naruto fez de sua missão para acabar com a guerra sozinho, para que ninguém mais sofresse. Ele continuou a fazê-la até sua batalha contra os reencarnados Nagato e Itachi Uchiha. Após a luta, apesar de Itachi reconhecer que Naruto tornou-se mais forte, ele explicou a Naruto que se ele continuasse a acreditar que ele poderia fazer tudo sozinho, ele se tornaria arrogante como Madara. Itachi também diz que se Naruto irá se tornar Hokage, ele nunca deve esquecer os amigos ou fazer tudo por conta própria.Mais tarde, Naruto reconheceu suas deficiências em suas tentativas de fazer as coisas por si mesmo e permitiu que outras pessoas o ajudassem, em vez de assumir todo o fardo sobre si mesmo.

Depois de expor a identidade de Tobi como Obito Uchiha e expressando desaprovação com sua nova visão distorcida da vida, Naruto declara a Obito que ele não iria deixá-lo matar qualquer um de seus companheiros. Como resultado, Obito resolveu colocar tanto ele quanto a Aliança Shinobi no mesmo desespero que ele experimentou, ou seja, matando um dos amigos de Naruto, Neji Hyūga. Isto, junto com a diatribe de Obito para Naruto e suas crenças, levou o jovem shinobi em um período de turbulência mental e emocional. Embora quase sucumbisse à tentação de Obito, Naruto foi tirado de sua depressão por Hinata, que lhe explicou o significado das últimas palavras de Neji que a sua vida não era apenas dele, recuperando sua auto-confiança, ele então agradeceu Hinata por ficar ao seu lado.Logo depois, Naruto diz a Kakashi e seus companheiros que ele entende claramente que os shinobi são feitos para suportar, acreditando que se a lembrança de seus amigos era uma maldição, ele ficaria feliz em assumir esse peso e manter o verdadeiro Neji em seu coração para sempre.^[28] Isso mostra o quanto Naruto evoluiu como um shinobi e que ele está acima da guerra psicológica de Obito, dizendo que ao contrário de Obito, ele quer manter os laços que ele fez com seus amigos.